A tecnologia é (em conceito, pelo menos), simples: o console em si não tem porta de rede, então o que o sistema faz é transmitir os botôes que você aperta pela internet para o outro console, aí ele pega o sinal que o outro jogador manda e envia pelas entradas de joystick. Eu não sei o quanto de lag esse sistema tem, mas que ele é bem engenhoso, é.
O SNESoIP é Open Source, então você pode baixar as informações para construir o seu próprio aparelho, doar um dinheirinho para os criadores ou até contribuir para o projeto. Eu certamente teria jogado mais Secret of Mana se um sistema desses existisse na época. Ou não, porque internet discada é osso.
Fonte: http://www.kotaku.com.br/super-nintendo-online/